Nazwy: w latach 1977-1999 – Instytut Biologii Środowiskowej, od 1999 r. – Instytut Nauk o Środowisku

Myśl o potrzebie integracji środowiska badaczy zainteresowanych ekologią zrodziła się już w latach 60. XX w., kiedy to z inicjatywy Władysława Grodzińskiego i Adama Łomnickiego zainteresowani przyrodnicy, głównie z wyższych uczelni krakowskich, zaczęli się spotykać na tzw. krakowskich seminariach ekologicznych. Dziesięcioletnia tradycja seminariów ekologicznych oraz dwa lata pozytywnych doświadczeń z realizacją specjalizacji studiów biologia środowiskowa, stały się podstawą do powołania do życia Instytutu Biologii Środowiskowej (zarządzeniem nr 2 Rektora UJ z 6 stycznia 1977 r.).

Nowo powstały Instytut tworzyły trzy istniejące jednostki: Zakład Ekologii Zwierząt, Zakład Hydrobiologii i Zakład Zoopsychologii i Etologii Zwierząt wydzielone z Instytutu Zoologii, a także nowy Zakład Modelowania Ekologicznego. Instytut mieścił się w pomieszczeniach zakładów wydzielonych z Instytutu Zoologii w gmachu Collegium Zoologicum i Collegium Geologicum. W 1984 r. od Zakładu Ekologii Zwierząt oddzielił się Zakład Ekologii Ekosystemów. Pierwszym dyrektorem Instytutu Biologii Środowiskowej został prof. dr hab. Władysław Grodziński. Pełnił tę funkcję w latach 1977-1981, pracując z zastępcą dr Ryszardem Sową.

W roku 1981 stanowisko dyrektora Instytutu objął doc. dr hab. Adam Łomnicki, a jego zastępcą został dr hab. Bogusław Bobek. Kolejnym dyrektorem był, od roku 1988, prof. dr hab. Ryszard Sowa. Funkcję zastępcy dyrektora pełnił wówczas prof. dr hab. Andrzej Górecki, który w roku 1990, po nagłej śmierci prof. Sowy, został wybrany dyrektorem i był nim do roku 2002, a jego zastępcą został prof. dr hab. Jan Kozłowski. W 1989 r. od Zakładu Ekologii Zwierząt oddzielił się Zakład Badań Łowieckich. W 1998 r. Instytut Biologii Środowiskowej powiększył się o Zakład Rozrodu Ssaków, przeniesiony z Instytutu Zoologii.

W 1999 r., w wyniku reorganizacji zmieniono nazwę jednostki na Instytut Nauk o Środowisku, wtedy też powstały Zakłady: Ekotoksykologii, Monitoringu Środowiska, Mikrobiologii Ekologicznej. W 2002 r. utworzono Zakład Ekologii Behawioralnej. We wrześniu 2002 r. dyrektorem Instytutu Nauk o Środowisku został wybrany prof. dr hab. Jan Kozłowski a jego zastępcą prof. dr hab. Ryszard Laskowski. W 2005 r. kierownictwo Instytutu zostało powiększone o drugiego zastępcę, a funkcję tę powierzono dr hab. Mariuszowi Cichoniowi.

Od 2008 r. kierownictwo Instytutu piastują dr hab. Małgorzata Kruczek i zastępca dyrektora ds. studenckich dr hab. Maria Niklińska. Jesienią 1999 r. został oddany do użytku przy ul. Gronostajowej 3 pierwszy niewielki budynek Centrum Badań Przyrodniczych UJ, w którym INoŚ otrzymał nowe pomieszczenia. W 2000 r. do tego budynku przeprowadziła się część laboratoriów, uzyskano także pomieszczenia dydaktyczne, w których Instytut Nauk o Środowisku przy udziale Instytutu Geografii i Gospodarki Przestrzennej prowadzi od 2001 r. dwustopniowe studia biologiczno-geograficzne.

W 2002 r. Instytut uzyskał status Centrum Doskonałości Unii Europejskiej, w ramach projektu: „Wdrażanie badań podstawowych i stosowanych w zakresie nauk o środowisku dla dobra społeczności lokalnych” który realizowano do 2005 r. Obecną siedzibą Instytutu Nauk o Środowisku jest budynek przy ul. Gronostajowej 7, którego budowa zakończyła się na początku 2004 r.